Die Gründung der Pfarrei
"Von Gottes Gnaden Wir Friedrich Ferdinand, souveräner Herzog zu Anhalt ... entbieten allen unseren Untertanen geistlichen und weltlichen Standes unseren Gruß und Gnade zuvor! Wir fügen ihnen hiermit zu wissen, daß Wir in Gemeinschaft mit Unserer vielgeliebten Herzogin Julie von Anhalt am 24. Oktober vergangenen Jahres (1825) in Paris zur römisch-katholisch-apostolischen Kirche zurückgekehrt sind ..."
Das herzogliche Manifest vom 13. Januar 1826 ist der eigentliche Beginn des Wiedererstehens der katholischen Gemeinde in der Stadt und im Herzogtum Anhalt-Köthen nach der Reformation.
Das Herzogspaar vollzog die Konversion zur katholischen Kirche aus tiefer Überzeugung und unter dem Eindruck der gläubigen Haltung von Zeitgenossen, entgegen manchen Vorurteils in dem damals rein evangelischen Lande. Bereits im Februar des Jahres 1826 wurde der Jesuitenpater und Professor des kanonischen Rechts, Petrus Johannes Beckx aus Hildesheim, zum Geistlichen für Köthen ernannt.
Die Pfarrei wurde durch päpstlichen Erlaß (das sog. Breve) am 17. Mai des gleichen Jahres "zur Ehre der Mutter Gottes und Jungfrau, unserer geliebten Mutter" vom apostolischen Vikar in Sachsen, Bischof Ignatius Mauermann Dresden, errichtet. In den späteren Jahren wurde die Pfarrei zuerst der Münchener Nuntiatur und ab 1868 dem Bischof von Paderborn unterstellt.
Dieser Bischof erhielt damit den Titel, "Administrator des apostolischen Vikariats Anhalt." Dieser Titel, der mit dem Bestehen von nur sehr wenigen katholischen Pfarreien in Anhalt verbunden war, genügte dem historischen Begriff "Gerechtsame", wonach kein Bischof außerhalb der feudalen Landesgrenzen sein Amt in anderen Pfarreien als in seinem Bistum ausüben konnte. Erst mit dem 1. März 1921, also schon unter republikanischen Rechtsverhältnissen, wurde das Vikariat Anhalt als Dekanat dem Erzbistum Paderborn zugeordnet. Von 1949 bis 1973 wurde es von einem bischöflichen Kommissar, in späteren Jahren der DDR vom bischöflichen Administrator in Magdeburg, geleitet.
Mit der Gründung des neuen Bistums Magdeburg gehören die Pfarrei Köthen wie die anderen in Sachsen-Anhalt und zu einem geringen Teil in Sachsen und Brandenburg zu diesem.